Zakład Onkologii Molekularnej i Translacyjnej
1. Do zadań Zakładu Onkologii Molekularnej i Translacyjnej należy:
1) prowadzenie badań naukowych i prac badawczo-rozwojowych nad etiopatogenezą nowotworów za pomocą metod biologii molekularnej i komórkowej;
2) adaptacja wyników badań naukowych dla potrzeb diagnostyki molekularnej i terapii celowanej;
3) prowadzenie badań naukowych nad mechanizmami oddziaływania pomiędzy komórkami układu immunologicznego a komórkami nowotworowymi.
2. W skład Zakładu Onkologii Molekularnej i Translacyjnej wchodzą:
1) Pracownia Badań Translacyjnych;
2) Pracownia Biologii Komórki;
3) Pracowania Wdrażania i Walidacji Molekularnych Technik Diagnostycznych;
4) Pracownia Eksperymentalnej i Klinicznej Immunologii;
5) Pracownia Organizacji Chromatyny.

Zakład Immunologii
1. Do zadań Zakładu Immunologii należy:
1) prowadzenie badań naukowych nad mechanizmami onkogenezy, w tym nad udziałem układu odpornościowego w chorobach nowotworowych;
2) prowadzenie badań naukowych i prac badawczo-rozwojowych nad biomarkerami nowotworowymi.
2. W skład Zakładu Immunologii wchodzą:
1) Pracownia Immunologii Komórkowej,
2) Pracownia Hodowli Komórkowych.

Zakład Genetyki
1. Do zadań Zakładu Genetyki należy:
1) prowadzenie badań naukowych i prac badawczo-rozwojowych z zakresu asocjacji genowych oraz genotypowania wielkoskalowego;
2) prowadzenie krajowego ośrodka referencyjnego hodowli zwierząt laboratoryjnych;
3) dostarczanie zwierząt doświadczalnych o wymaganym standardzie na potrzeby jednostek organizacyjnych Instytutu;
4) diagnostyka kliniczna i molekularna zespołów dziedzicznie uwarunkowanej predyspozycji do zachorowania na nowotwory złośliwe.
2. W skład Zakładu Genetyki wchodzą:
1) Pracownia Badań Wielkoskalowych;
2) Pracownia Hodowli Zwierząt Laboratoryjnych.

Zakład Epidemiologii i Prewencji Pierwotnej Nowotworów
1. Do zadań Zakładu Epidemiologii i Prewencji Pierwotnej Nowotworów należy:
1) prowadzenie badań naukowych w zakresie prewencji pierwotnej nowotworów złośliwych;
2) współpraca z placówkami naukowymi i organizacjami międzynarodowymi na rzecz prewencji pierwotnej nowotworów;
3) prowadzenie działań związanych z realizacją rządowych programów profilaktyki zdrowotnej;
4) prowadzenie działalności związanej z profilaktyką i terapią uzależnienia od tytoniu;
5) badania populacyjne nad etiologią nowotworów;
6) edukacja zdrowotna, w szczególności promocja zaleceń Europejskiego Kodeksu Walki z Rakiem;
7) wspieranie działań Światowej Organizacji Zdrowia na rzecz ograniczenia palenia tytoniu w Polsce i innych krajach Europy Środkowo-Wschodniej.
2. W skład Zakładu Epidemiologii i Prewencji Pierwotnej Nowotworów wchodzą:
1) Pracownia Epidemiologii;
2) Pracownia Prewencji Pierwotnej;
3) Poradnia Pomocy Palącym.

Zakład Medycyny Regeneracyjnej
1. Do zadań Zakładu Medycyny Regeneracyjnej należy:
1) prowadzenie badań naukowych i prac badawczo-rozwojowych w dziedzinie biologii komórek macierzystych, w tym mechanizmów regulacji ich samoodnowy, proliferacji, różnicowania i dojrzewania;
2) badanie mechanizmów naprawy uszkodzeń tkanek i narządów oraz czynników wpływających na ich regenerację;
3) gromadzenie, testowanie, przetwarzanie, przechowywanie oraz dystrybucja komórek macierzystych.
2. W skład Zakładu Medycyny Regeneracyjnej wchodzą:
1) Pracownia Inżynierii Komórkowej;
2) Pracownia Biologii Komórki Macierzystej;
3) Bank Komórek Macierzystych i Tkanek.

Zakład Matematyki Onkologicznej
Do zadań Zakładu Matematyki Onkologicznej należy:
1. Planowanie i wykonywanie analiz bioinformatycznych i biostatystycznych na rzecz innych jednostek organizacyjnych Instytutu oraz podmiotów współpracujących z Instytutem;
2. Współpraca z innymi jednostkami organizacyjnymi Instytutu w zakresie prowadzenie badań naukowych i prac badawczo-rozwojowych nad nowotworami;
3. Współpraca z innymi jednostkami organizacyjnymi Instytutu w zakresie tworzenia i aktualizacji baz danych jednostki oraz monitorowania jakości danych elektronicznych służącym prowadzeniu badań naukowych, prac badawczo-rozwojowych oraz komercjalizacji.

Samodzielna Pracownia Biobankowania Krwi
Do zadań Samodzielnej Pracowni Biobankowania Krwi należy:
1. Przechowywanie materiału biologicznego.
2. Wykonywanie innych czynności wynikających z przedmiotu działania pracowni.
3. Współpraca z innymi jednostkami i komórkami organizacyjnymi Instytutu.

Dział Nauki
1. Do zadań Działu Nauki należy:
1) koordynowanie prac związanych z przygotowaniem rocznego Planu Naukowego oraz corocznej oceny realizacji Planu Naukowego Instytutu;
2) gromadzenie dokumentacji do sprawozdań Dyrektora z działalności naukowej Instytutu;
3) przygotowywanie sprawozdań i raportów dla Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego oraz Ministerstwa Zdrowia i innych jednostek administracji państwowej w zakresie zadań Działu Nauki;
4) prowadzenie dokumentacji przewodów doktorskich, postępowań habilitacyjnych oraz postępowań o nadanie tytułu naukowego profesora nauk medycznych;
5) obsługa administracyjna posiedzeń Rady Naukowej;
6) mprzygotowanie dokumentacji do oceny parametrycznej Instytutu;
7) dokonywanie okresowej oceny indywidualnego dorobku naukowego pracowników naukowych Instytutu;
8) obsługa administracyjna i techniczna postępowań konkursowych na stanowiska naukowe w Instytucie;
9) administracja systemu informacji o szkolnictwie wyższym POL-on;
10) pomoc administracyjno-techniczna w zakresie pozyskiwania środków finansowych na realizację grantów krajowych i zagranicznych;
11) gromadzenie i archiwizacja dokumentacji prowadzonych projektów badawczych;
12) obsługa administracyjna grantów wewnętrznych Instytutu;
13) prowadzenie i przechowywanie dokumentacji Studiów Doktoranckich oraz Szkoły Doktorskiej w Instytucie;
14) współpraca z Biblioteką w zakresie nadzorowania utworzonej przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego bazy PBN (Polska Bibliografia Naukowa);
15) obsługa zamówień w ramach grantów wewnętrznych, zewnętrznych i działalności statutowej Instytutu;
16) współpraca z innymi jednostkami i komórkami organizacyjnymi Instytutu.
2. W skład Działu Nauki wchodzą:
1) Sekcja Planowania Naukowego;
2) Sekcja Dokumentacji i Informacji Naukowej;
3) Sekcja Grantów i Współpracy Naukowej.

Krajowy Rejestr Nowotworów
1.Do zadań Krajowego Rejestru Nowotworów należy:
1) gromadzenie danych o zachorowaniach na nowotwory złośliwe w Polsce;
2) badania epidemiologiczne i monitorowanie zagrożenia  polskiej populacji nowotworami złośliwymi;
3) utrzymanie i rozwój Krajowego Rejestru Nowotworów, nadzór nad rejestracją nowotworów złośliwych w Polsce;
4) współpraca w zakresie badań epidemiologicznych z placówkami naukowymi i organizacjami międzynarodowymi;
5) analiza danych pod kątem funkcjonowania systemu leczenia chorych onkologicznych.
2. W skład Krajowego Rejestru Nowotworów wchodzi:
1) Wojewódzkie Biuro Rejestracji Nowotworów – Mazowiecki Rejestr Nowotworów, do zadań którego należy gromadzenie i analiza danych o zachorowaniach na nowotwory złośliwe w województwie mazowieckim.