Pacjenci nie posiadający prawa do świadczeń zdrowotnych finansowanych ze środków publicznych ponoszą koszty świadczeń udzielonych w Instytucie.
Wycena świadczeń odbywa się w Dziale ds. Rozliczeń Świadczeń Zdrowotnych na podstawie informacji uzyskanej od lekarza prowadzącego. Koszty świadczeń ustalane są przez poszczególne jednostki realizujące świadczenia. W przypadku braku informacji na temat kosztów danego świadczenia w cenniku medycznym, Dział ds. Rozliczeń Świadczeń Zdrowotnych wycenia procedurę na podstawie katalogu, przedstawionego we właściwym Zarządzeniu Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia.
Wysokość opłat za udzielone świadczenia inne niż finansowane ze środków publicznych ustala poniży cennik.